Cmentarz założony został w drugiej połowie XIX w. przez księdza Józefa Stolarczyka pierwszego proboszcza zakopiańskiego. Przed cmentarzem stoi zabytkowy kościółek p.w. Matki Boskiej Częstochowskiej – najstarszy drewniany kościół w Zakopanem (1847–1852 r.). Bramę cmentarną zaprojektował Stanisław Witkiewicz.
Nazwa cmentarza pochodzi od nazwiska darczyńcy ziemi, na której jest zlokalizowany, Jana Pęksy.
Na cmentarzu znajduje się około 500 grobów, w tym 250 zasłużonych osób dla Zakopanego i Tatr. Znajdują się tu również symboliczne groby, m.in.: Bronisława Czecha (1908-1944) – uznawanego za najwszechstronniejszego narciarza okresu międzywojennego Polski, olimpijczyka, taternika, ratownika górskiego, instruktora narciarskiego, ale też pilota i instruktora szybowcowego. Mariusza Zaruskiego (1867 – 1941) –taternika, grotołaza, ratownika górskiego i założyciela Tatrzańskiego Ochotniczego Pogotowia Ratunkowego, ale też marynarza, żeglarza, podróżnika, poety, fotografa, społecznika i generała brygady Wojska Polskiego oraz Macieja Berbeki (1954-2013) – himalaisty (zdobył 5 ośmiotysięczników), artysty malarza, scenografa i ratownika TOPR.
Są też tablice pamiątkowe poświęcone kompozytorom związanym z Zakopanem, m.in.: Karolowi Szymanowskiemu i Mieczysławowi Karłowiczowi.
Na cmentarzu spoczywają m.in.:
Tytus Chałubiński (1820-1889) – lekarz, przyrodnik, popularyzator turystyki tatrzańskiej oraz Zakopanego, prekursorów polskiego klimatolecznictwa, jego staraniem Zakopane zyskało pod koniec XIX w. status kurortu klimatycznego wspomagającego leczenie chorób płucnych. Na jego cześć nazwano przełęcz w Tatrach – „Wrota Chałubińskiego”.
Jan Długosz (1929 – 1962) – charyzmatyczny taternik, autor wielu nowych przejść, prekursor nowatorskich technik wspinaczkowych. Zdobył uznanie zarówno w środowisku taterników, jak i alpinistów – zasłynął m.in. przejściem, symbolicznej wśród alpinistów, ściany Petit Dru i udziałem w pierwszym przejściu środkowego filara Frêney. Był także literatem, ratownikiem górskim i szkoleniowcem. Zginął właśnie podczas prowadzenia szkolenia dla żołnierzy 2 lipca 1962 r. wskutek upadku z grani Zadniego Kościelca w Tatrach Wysokich.
Eugeniusz Gąsienica Sieczka (1907 – 1948) – kurier tatrzański, zginął z rąk komunistów w 1948 r.
Władysław Hasior (1928-1999) – rzeźbiarz, malarz, scenograf związany z Podhalem. W Zakopanem znajduje się jego galeria.
Kornel Makuszyński (1884-1953) – poeta, pisarz – autor m.in. Szatana z siódmej klasy, Awantury o Basię, Panny z mokrą głową, i serii o przygodach Koziołka Matołka. W Zakopanem znajduje się jego muzeum.
Stanisław Marusarz (1913-1993) – słynny skoczek narciarski, czterokrotny olimpijczyk, siedmiokrotny uczestnik narciarskich mistrzostw świat, kurier tatrzański, trener i propagator sportu.
Helena Marusarzówna (1918-1941) – siostra Stanisława, utalentowana narciarka, uczestniczka ruchu oporu, została zamordowana przez Gestapo.
Władysław Orkan (1875-1930) – pisarz okresu Młodej Polski, związany z Gorcami (mieszkał w Porębie Wielkiej – w willi „Orkanówka”).
Zofia Paryska (1901-2001) – botaniczka, taterniczka, pisarka, pierwsza ratowniczka TOPR i pierwsza kobieta przewodnik tatrzański. Żona i współtowarzyszka pracy Witolda Paryskiego.
Witold Henryk Paryski (1909-2000) – polski krajoznawca, taternik, przewodnik tatrzański, alpinista, ratownik TOPR, działacz ochrony przyrody, autor opracowań o Tatrach, m.in. autor przewodnika taternickiego “Tatry Wysokie”. Wspólnie z żoną jest autorem „Wielkiej encyklopedii Tatrzańskiej”.
Kazimierz Przerwa-Tetmajer (1865-1940) – polski poeta, nowelista, powieściopisarz, przedstawiciel Młodej Polski, zafascynowany góralskim folklorem napisał cykl opowieści „Na skalnym Podhalu” i epopeję tatrzańską „Legenda Tatr”.
Sabała (1809-1894) – właśc. Jan Krzeptowski, słynny gawędziarz i pieśniarz, honorowy przewodnik tatrzański, myśliwy. Towarzyszył Tytusowi Chałubińskiemu i Stanisławowi Witkiewiczowi w tatrzańskich wyprawach. Przez Witkiewicza został nazwany „Homerem Tatr”.
Ks. Józef Stolarczyk (1816-1893) – jeden z najlepszych taterników swojej epoki. Jego największe osiągnięcia to, m.in. pierwsze wejście na Baranie Rogi, ósme wejście na Gerlach, trzecie wejście na Lodowy Szczyt. Jeden ze współzałożycieli Towarzystwa Tatrzańskiego, spopularyzował Zakopane jako letnisko.
Stanisław Witkiewicz (1851 – 1915) – malarz, architekt, pisarz i teoretyk sztuki, twórca i popularyzator stylu zakopiańskiego, ojciec Stanisława Ignacego Witkiewicza.
Zaprojektował wiele znanych obiektów, m.in.:
– Willę „ Koliba” – mieści się tu Muzeum Stylu Zakopiańskiego,
– „Dom pod Jedlami” – willa zbudowana dla rodziny Pawlikowskich,
– Willę „Oksza”, w której mieści się filia Muzeum Tatrzańskiego im. dra Tytusa Chałubińskiego (znajduje się w nim Galeria Sztuki XX wieku)
– Kaplicę na Jaszczurówce.
Maria Witkiewicz (1853 – 1931) – żona Stanisława Witkiewicza i matka Stanisława Ignacego Witkiewicza. Była nauczycielką muzyki.
Stefan Zwoliński (1900 – 1982) – speleolog, legionista, księgarz, fotograf. Jest odkrywcą kilku jaskiń, m.in. Jaskini Bystrej (razem z bratem Tadeuszem) i Mroźnej (z Tadeuszem Zahorskim). Napisał książkę „W podziemiach tatrzańskich” oraz wspólnie z bratem Tadeuszem „Przewodnik po Tatrach i Zakopanem”.